Miyazaki là một trong những đạo diễn dành nhiều giải thưởng nhất của điện ảnh Nhật Bản:

• Giải Noburō Ōfuji cho phim hoạt hình:
  • 1979, Lâu đài của Cagliostro
  • 1984, Nausicaä của Thung lũng gió
  • 1986, Lâu đài trên không Laputa
  • 1988, Hàng xóm của tôi là Totoro
• Giải thưởng lớn Mainichi:
  • 1989, Dịch vụ giao hàng của phù thủy Kiki
  • 1992, Porco Rosso
  • 1994, Pom Poko (với vai trò ý tưởng và nhà sản xuất)
  • 1997, Công chúa Mononoke
  • 2001, Sen và Chihiro ở thế giới thần bí
• Giải Phim hay nhất của Viện Hàn lâm Nhật Bản:
  • 1998, Công chúa Mononoke
  • 2002, Sen và Chihiro ở thế giới thần bí
• Giải Gấu vàng tại Liên hoan phim Berlin:
  • 2002, Sen và Chihiro ở thế giới thần bí (phim hoạt hình duy nhất từ trước đến nay đạt được giải này)
• Giải Phim hoạt hình hay nhất của Viện hàn lâm điện ảnh Hoa Kỳ (giải Oscar)
  • 2002, Sen và Chihiro ở thế giới thần bí
• Giải Thành tựu trọn đời tại Liên hoan phim Venice 2005

Theo bầu chọn của trang web uy tín IMDB (Internet Movie Database), trong top 20 phim hoạt hình hay nhất có tới 6 phim do Miyazaki đạo diễn trong đó hai phim Sen và Chihiro ở thế giới thần bí và Công chúa Mononoke lần lượt xếp thứ nhất và thứ hai.[9].

Năm 2006, tạp chí Time đã bầu chọn Miyazaki là một trong những người Châu Á có ảnh hưởng nhất trong 60 năm qua[10].